Varmárskóli leggjur upp með gildi Mosfellsbæjar, virðingu, jákvæðni, framsækni og umhyggju. Í Varmárskóla er lagt upp með að skapa námsumhverfi sem er hvetjandi og þroskandi. Leitast er við að koma til móts við einstaklinginn á hans forsendum og efla með honum áhuga á námi og sjálfstæði í vinnubrögðum. Við skólann eru starfandi námsver. Þar er leitast við að bjóða uppá úrræði sem henta hverjum og einum skjólstæðingi versins í samráði við umsjónarkennara, sérkennara, þroskaþjálfa og stuðningsfulltrúa. Lögð er áhersla á að horfa á árganginn í heild í stað einstakra bekkja. Á yngri stigum er samvinna námshópa innan og utan árganga og kennarar starfa mikið saman í samþættingarverkefnum og smiðjum. Á eldra stigi er áhersla á faggreinakennslu og nemendum ýmist kennt í bekkjum eða hópum. Öflug list- og verkgreinakennsla er við skólann og eru verk nemenda sýnileg á göngum skólans. Skólanámskrá er endurskoðuðr af kennurum skólans á hverju ári. Námskráin er rituð fyrir nemendur, foreldra og aðra sem vilja kynna sér stefnu og skipulag skólans.